Η Καλυψώ θεωρείται γενικά ότι είναι η νύμφη κόρη του Atlas , από μια ανώνυμη γυναίκα- αν και σε άλλες αρχαίες πηγές μια Καλυψώ κατονομάζεται τόσο ως Ωκεανίδα, κόρη του Ωκεανού και της Θέτιδας, όσο και ως Νηρηίδα, κόρη του Νηρέα και της Δωρίδας, αν και θα μπορούσαν να είναι τρεις διαφορετικές Καλυψώς.

Οι νύμφες κόρες του Άτλαντα συγκαταλέγονταν στις πιο όμορφες από όλες τις αθάνατες θεές, και η Καλυψώ δεν αποτελούσε εξαίρεση. Η Καλυψώ όμως δεν επέδειξε την ομορφιά της ως μέλος της συνοδείας μιας από τις πιο διάσημες θεές, όπως πολλές άλλες νύμφες, γιατί η Καλυψώ είχε εγκατασταθεί στο νησί της Ωγυγίας (ενδεχομένως το νησί Γκόζο).

Η Καλυψώ έρχεται στο προσκήνιο όταν ο Έλληνας ήρωας Οδυσσέας έφτασε στην Ωγυγία.

Ο Οδυσσέας είχε ήδη αντιμετωπίσει πολλές δοκιμασίες και θλίψεις κατά το ταξίδι της επιστροφής του από την Τροία. Η τελευταία ατυχία που αντιμετώπισε ο Οδυσσέας ήταν η απώλεια του τελευταίου του πλοίου και των ανδρών του, όταν ο Δίας τους κατέστρεψε για να εξευμενίσει τον Ήλιο.

Ο Οδυσσέας είχε επιβιώσει φτιάχνοντας μια σχεδία από τα απομεινάρια του πλοίου του. Για εννέα ημέρες ο Οδυσσέας είχε παρασυρθεί και κωπηλατήσει, πριν ξεβραστεί στην ακτογραμμή της Ωγυγίας τη δέκατη ημέρα.

Παρά την ομορφιά της συντρόφου του και το περιβάλλον του, ο Οδυσσέας είδε την Ωγυγία απλώς ως φυλακή και για αρκετά χρόνια θα παραμείνει εκεί. Η διάρκεια του εγκλεισμού του Οδυσσέα ήταν επτά χρόνια σύμφωνα με τον Όμηρο, αν και άλλοι λένε ότι ο Οδυσσέας έμεινε στην Ωγυγία μόνο για ένα ή πέντε χρόνια.

Τελικά, η θεά Αθηνά, που ήταν σύμμαχος του Οδυσσέα, ήρθε να σώσει τον Έλληνα ήρωα, γιατί η Αθηνά πήγε στον πατέρα της Δία, για να του ζητήσει να διατάξει την Καλυψώ να απελευθερώσει τον αιχμάλωτο εραστή της. Ο Δίας δέχτηκε το αίτημα της Αθηνάς και ο Ερμής στάλθηκε για να μεταφέρει την εντολή του Δία.

Ενώ η Καλυψώ θα καλωσόριζε την άφιξη του Ερμή, δεν θα καλωσόριζε τα νέα που έφερνε ο θεός-αγγελιοφόρος. Η Καλυψώ ένιωθε ότι της φερόταν άδικα, γιατί της φαινόταν ότι οι άνδρες θεοί του Ολύμπου μπορούσαν να κάνουν ό,τι ήθελαν με τους θνητούς, αλλά στις θεές δεν επιτρεπόταν η ίδια ελευθερία. Φυσικά, ο ίδιος ο Δίας είχε απαγάγει Γανυμήδης , και ο Τρώας πρίγκιπας εξακολουθούσε να βρίσκεται στον Όλυμπο σερβίροντας την αμβροσία και το νέκταρ.

Η Καλυψώ όμως τελικά δεν είχε άλλη επιλογή, και έτσι η θεά είπε στον Οδυσσέα ότι ήταν πλέον ελεύθερος να φύγει. Η Καλυψώ πράγματι θα παρείχε στον Οδυσσέα υλικά για ένα νέο πλοίο, καθώς και προμήθειες για ένα μακρύ ταξίδι στη θάλασσα. Έτσι, σε λίγο καιρό, ο Οδυσσέας άφηνε πίσω του την Ωγυγία και την Καλυψώ.